(一)微生物菌体发酵

此类发酵以获得微生物细胞为目的，例如，用于制作面包及动物饲料的单细胞(菌体)蛋白(如酵母菌、藻类)、食用或药用的担子菌(像蘑菇、猴头和灵芝)、人畜免疫用生物制品的细菌性疫苗及诊断用菌体抗原、农业和林业生物防治用的微生物杀虫剂、施用于农作物的微生物菌肥、用于医疗保健的乳酸菌制剂等，均属于微生物菌体发酵产物。

(二)微生物代谢产物发酵

这类发酵产物是微生物发酵中数量、种类最多，也是最重要的部分，目前已知的就有几千种。从代谢的角度可将这些产物划分为初级代谢产物和次级代谢产物两大类。

1．初级代谢产物  初级代谢产物是微生物生长繁殖必需的原料和酶类，在其生存的任何时段均可产生。初级种类极其繁多，主要有氨基酸、核甘酸、脂肪酸、蛋白质、核酸、脂类、糖类等。

2．次级代谢产物  次级代谢产物对生产菌并非生存所必需，但对产生菌适应生存环境和生物竞争是有益的。所以认为次级代谢产物是微生物为了避免某些初级代谢产物或中间产物过量积累的有害作用而产生的一类有利于生存的代谢物。次级代谢产物的产生也受初级代谢产物的影响，并且要在产生菌的某一生理阶段才能形成。能产生次级代谢产物的微生物只有少数几个类群，一般为放线菌、真菌和产生芽孢的细菌。次级代谢产物的产生需要的营养和产生条件均较特别，产物的结构一般也比较复杂，并且是具有某些特定生理活性的物质。按次级代谢产物的结构特征与生理作用可将它们分为：抗生素、生长刺激素、维生素、色素、生物碱、毒素等。