咖啡灌肠使用的器材为细的软管，伸入直肠时较不易受伤，咖啡进入的也是下半部的部分，刺激度不算太大，其实是比较温和的方法。

有很多人误解咖啡灌肠就是大肠水疗，这其实是两种完全不同的方式。大肠水疗是必须到专业医疗诊所才能进行的疗程，使用器材将水灌进肠子，再吸出来。在进行大肠水疗时，肠子因为突然之间被大量的水灌入，肠内压力增加，会产生强烈的收缩反应，而发生绞痛。（咖啡灌肠因为采用滴人式，则不会发生此现象。）所以进行大肠水疗时，必须由有经验的大肠水疗师来操作。