治疗阿米巴病的药很多，目前常用的有：灭滴灵处】（甲硝唑）：能直接杀灭阿米巴滋养体，对阿米巴痢疾和阿米巴肝脓肿等都有良好的治疗作用。

吐根碱【处（依米丁）：能直接杀灭溶组织阿米巴。适用于急性阿米巴痢疾，以迅速控制症状。该药毒性大，能引起中毒性心肌炎而导致心律失常、血压下降、心力衰竭，所以要慎重使用。

药特灵处】（喹磺方）：能直接抑制杀灭阿米巴原虫，对阿米巴痢疾有效。适用于慢性阿米巴痢疾。

卡巴胂处】：由于它所含的砷能和虫体中的酶相结合，从而破坏后者的功能，所以能发挥抑制杀灭滋养体的作用。它的疗效与喹碘方相似。适用于阿米巴痢疾的轻症，对肠外阿米巴病无效。

氯喹处：对阿米巴滋养体有杀灭作用。口服在肝脏中的浓度较高，所以适用于肠外阿米巴病尤其是阿米巴肝脓肿。