静脉用两性霉素B处是治疗大多数全身性真菌病最有效的药物。对隐球菌、念珠菌属、球孢子菌、毛霉菌属、孢子丝菌、曲菌属等所致感染均有效。临床用于多种真菌引起的肺部、肠道、尿道和心内膜炎等全身深部感染，亦用于眼科、皮科等感染。

本品毒性较大为其特点，静点时常发生寒战、高热、恶心、呕吐，肝肾功能损害等严重反应而影响其治疗。

氟胞嘧啶处，亦为深部抗真菌药，抗菌谱较两性霉素B窄，但患者较易耐受，并可口服，本药对白色念珠菌、隐球菌、地丝菌、烟曲菌有良好的抑制作用。用于敏感菌引起的全身性真菌感染。真菌易对其产生耐药性，故与两性霉素B合用可防止并延缓耐药性的产生，同时也可缓解两性霉素B的强烈副作用二者合用有协同作用。