抗真菌药分为两类：一类主要用于皮肤、口腔、肠道和阴道等局部浅表感染的药物。这类药物除少数药物如灰黄霉素可以口服外，其他均为局部用药，如咪唑类中克霉唑、益康唑以及抗生素中的克念菌素和制霉菌素等。另一类为深部真菌感染用药。深部真菌感染常见有真菌性败血症全身念珠菌感染及新型隐球菌脑膜炎等，大多病情严重，预后凶险，至今高效低毒的深部抗真菌药不多。最有效的为两性霉素B及新近问世的大扶康。

从抗真菌药物的化学结构也可分为两类：①抗生素类：灰黄霉素【处】、两性霉素B处】、制霉菌素【非、曲古霉素处】、球红霉素处】、克念菌素处等。其中灰黄霉素仅对浅表感染有效，其他均用于深部真菌感染，除两性霉素B和球红霉素用于系统感染外，其他只用于局部。②唑类：包括酮康唑【处】、咪康唑【非】、硫康唑【处】、益康唑【处】、噻康唑【处】、异康唑【处、依他康唑【处】、氟康唑【处】、克霉唑【、皮福唑【处等。其中克霉唑、皮福唑、异康唑目前仅供外用。益康唑、硫康唑、噻康唑可用于皮肤和粘膜，其他都可以作系统治疗。