深部真菌感染是在抗生素应用过程中，最常见的二重感染之一。长期应用广谱抗生素，抑制了体内敏感的菌群，而未被抑制者则乘机大量繁殖。有人报告在发生真菌感染的60例病人中，93.8%应用过三种抗生素达1个月以上，另外还有资料表明抗生素还具有直接促进念珠菌生长和毒性作用。抗生素的长期使用所造成的肝、肾、骨髓组织和功能的损伤也均有利于真菌的生长。特别是危重病人，使用激素及免疫抑制剂，长期放置导管的病人免疫功能降低，均容易导致真菌内源性和外源性感染的发生和传播，所以在长期应用抗生素的病人中，要经常检查化验有无真菌感染的迹象，一旦发现应及时处理。