引起口疮的病因不是由细菌、病毒感染，而是由于刷牙不当或吃带刺、过硬的食物等刺激或咬伤口腔黏膜龋齿或牙的残根刺激口唇或舌的黏膜，以及消化不良、便秘或肠道有蛔虫等引起；睡眠不足、突然改变生活规律、精神受刺激等因素也是引起口疮的诱因。此外，妇女在月经前期也可诱发口疮。

针对以上导致口疮的原因，所以不能用抗生素治疗。如果应用窄谱的抗生素治疗，不但达不到治疗目的，而且还会破坏正常肠道菌群而发生“二重感染”，使病情加重所以长口疮后用抗生素进行治疗，是有害无益的。