灌肠是逆行将液体灌入肠腔，故可扩张肠壁，激肠蠕动，促进排便；同时由于溶液与粪便混合而被稀释和软化，易使粪便排出解除便秘。此外借助肠黏膜较强的吸收作用，利用药物或营养剂进行保留灌肠，既可以治疗肠道本身的疾病，又可治疗许多全身性疾病。

大肠内有许多细菌，其中约四分之三是大肠杆菌；粪便中的细菌约占20%30%，故排出的粪便中存在大量活着的细菌或寄生虫卵等。因此，通过灌肠可减少或杀灭肠道某些细菌或寄生虫。如应用黄连素溶液、大蒜溶液等肠道杀菌剂灌肠，可直接杀灭肠道痢疾杆菌，用于治疗急性或慢性痢疾。中药结肠灌洗还可稀释毒素，减少毒素的吸收。如用大黄液结肠灌洗治疗慢性肾衰者，能使血肌酐迅速降低，总有效率达63.64%。此外，细菌在肠内与糖类作用可产生大量气体，临床上用灌肠驱气法，能协助气体由结肠排出，减轻腹胀。