腧穴分布在人体的全身上下。其分布要从十四经穴”“经外奇穴”、“阿是穴”来看。

“十四经穴”是腧穴的主要部分，皆分布在十四条经脉的体表循行线上，随经脉的走向和循行而分布在全身不同部位，包括头面部胸腹部腰背部及四肢。在晋代皇甫谧所著我国第一部针灸学专著《针灸甲乙经》里记载349个，到宋代王惟一所著《铜人腧穴针灸图经》又增加到354穴明代《针灸逢源》始有361穴，沿用至今。每条经脉的体表循行线上，皆有属于自己的穴位。

“经外奇穴”，即指没有归属于十四经的腧穴一般指唐代以后陆续发现的有特殊疗效的穴位，大多不在十四经循行路线上有的是一个部位，有的是一组腧穴分布在全身，没有规律。在1985年世界卫生组织针灸穴名标准化会议上，通过36个经外奇穴。

“阿是穴”早在《内经》中有“以痛为输”的记载，但到唐代《千金方》才叫“阿是穴”，没有固定位置，也没有具体名称，统称为“阿是穴”，是以压痛点或其他病理反应点作为腧穴。